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生物分子數(shù)據(jù)可視化工具Caleydo,數(shù)據(jù)可視化工具,旨在分析和比較,探索關(guān)系的多個(gè)數(shù)據(jù)集之間的數(shù)據(jù)。
Caleydo 是一個(gè)功能強(qiáng)大的應(yīng)用程序,允許您標(biāo)識(shí)的相互依賴性,從多個(gè)生物分子數(shù)據(jù)集。該程序允許您可視化和探索途徑,以便分析用最省力的臨床數(shù)據(jù)。此工具可以通過可視化的數(shù)據(jù)地圖揭示的分組或數(shù)據(jù)集之間的關(guān)系。
(1)時(shí)間性 對(duì)于新發(fā)表的數(shù)據(jù),應(yīng)該能夠在很短的時(shí)間內(nèi)(幾個(gè)小時(shí)至幾天)通過國(guó)際互連網(wǎng)訪問。
(2)注釋 對(duì)于每一個(gè)基本數(shù)據(jù)(如序列),應(yīng)附加一致的、深層次的輔助說明信息。
(3)支撐數(shù)據(jù) 在有些情況下,數(shù)據(jù)庫使用者需要得到原始的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),因而要提供訪問原始數(shù)據(jù)的方法。數(shù)據(jù)庫中應(yīng)包含原始數(shù)據(jù),或者能夠通過交叉索引訪問實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)庫中的原始數(shù)據(jù)。
(4)數(shù)據(jù)質(zhì)量 必須保證數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)的質(zhì)量,數(shù)據(jù)庫管理機(jī)構(gòu)應(yīng)對(duì)數(shù)據(jù)來源進(jìn)行檢查,并且關(guān)注數(shù)據(jù)庫用戶和專家提出的意見。
(5)集成性 三種基本生物分子數(shù)據(jù)庫(核酸序列、蛋白質(zhì)序列、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu))的集成對(duì)于用戶來說是非常重要的。對(duì)于數(shù)據(jù)庫中的每一個(gè)數(shù)據(jù)對(duì)象,必須與其它數(shù)據(jù)庫中的相關(guān)數(shù)據(jù)聯(lián)系起來,這樣可以從某些分子數(shù)據(jù)出發(fā)得到一系列的相關(guān)信息。例如,從某個(gè)核酸序列出發(fā),通過交叉索引,可進(jìn)一步得到對(duì)應(yīng)的基因、蛋白質(zhì)序列、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),甚至得到蛋白質(zhì)功能的信息。
生物分子泛指生物體特有的各類分子,它們都是有機(jī)物。典型的細(xì)胞含有一萬到十萬種生物分子,其中近半數(shù)是小分子,分子量一般在500以下。其余都是生物小分子的聚合物,分子量很大,一般在一萬以上,有的高達(dá)10,因而稱為生物大分子。