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InterViewer 4.0(蛋白質(zhì)分析軟件),蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)通常包括數(shù)千個(gè)節(jié)點(diǎn)或更多,嚴(yán)重限制了許多圖繪圖工具的用處,因?yàn)樗麄冏兊锰慕换ナ椒治龅木W(wǎng)絡(luò)因?yàn)樗麄儺a(chǎn)生雜亂許多邊緣過路的圖紙。我們目前新、 速度極快的布局算法及實(shí)現(xiàn)可視化大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)稱為 InterViewer。
InterViewer蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析軟件是生物信息工程中最基本也是最重要的數(shù)據(jù)之一 -,通常都需要使用專業(yè)的繪圖工具InterViewer才能夠處理。蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)經(jīng)常包括數(shù)千或更多節(jié)點(diǎn)的,這嚴(yán)重地限制了許多圖表的繪圖工具的實(shí)用性,因?yàn)樗麄兂蔀榫W(wǎng)絡(luò)的交互式anal- ysis太慢,因?yàn)樗鼈儺a(chǎn)生混亂附圖與許多邊交叉。我們提出了一個(gè)新的,非常快速的布局算法及其實(shí)現(xiàn),叫做InterViewer3可視化大規(guī)模的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。
(1)這是一個(gè)數(shù)量級的速度更快,
(2)它可以直接可視化從蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)
(3)它提供了幾個(gè)操作為有效探索大規(guī)模蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)。
(1)首先找到整個(gè)網(wǎng)絡(luò)的連接的部件的布局,
(2)發(fā)現(xiàn)與所連接的組件中相對于樞軸節(jié)點(diǎn)的節(jié)點(diǎn)的全球布局,
(3)細(xì)化每個(gè)被連接成分的由第一重新定位的本地布局midnodes就其cutvertices和cutvertices的直接鄰國,然后通過重新定位的所有節(jié)點(diǎn)相對于他們的鄰居在距離2的優(yōu)勢