分析PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)SecStAnT是一個輕量級的應(yīng)用程序設(shè)計來幫助你分析PDB（蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行）的文件和生成的數(shù)據(jù)集的結(jié)構(gòu)組成。體積小，但功能強大。界面非常清爽，簡單易操作。2Fp紅軟基地

軟件功能

secstant可以在不同級別的分辨率，處理數(shù)據(jù)，進(jìn)行統(tǒng)計分析和計算變量的分布。2Fp紅軟基地

軟件特色

PDB文件本質(zhì)是一種ASICLL碼文件，可以用普通的文本編輯器編輯，也可以用專業(yè)軟件編輯。不過要展示該文件所表示的蛋白質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu)則需要借助相關(guān)軟件，如winCoot、Moe等。2Fp紅軟基地

軟件說明

1.X-ray衍射晶體學(xué)成像2Fp紅軟基地
X射線衍射晶體學(xué)是最早用于結(jié)構(gòu)解析的實驗方法之一。X射線是一種高能短波長的電磁波（本質(zhì)上屬于光子束），被德國科學(xué)家倫琴發(fā)現(xiàn)，故又被稱為倫琴射線。理論和實驗都證明了，當(dāng)X射線打擊在分子晶體顆粒上的時候，X射線會發(fā)生衍射效應(yīng)，通過探測器收集這些衍射信號，可以了解晶體中電子密度的分布，再據(jù)此析獲得粒子的位置信息。利用這種特點，布拉格父子研制出了X射線分光計并測定了一些鹽晶體的結(jié)構(gòu)和金剛石結(jié)構(gòu)。首個DNA結(jié)構(gòu)的解析便是利用X射線衍射晶體學(xué)獲得的。2Fp紅軟基地
后來，獲得X射線來源的技術(shù)得到了改進(jìn)，如今更多地使用同步輻射的X射線源。來自同步輻射的X射線源可以調(diào)節(jié)射線的波長和很高的亮度，結(jié)合多波長反常散射技術(shù)，可以獲得更高精度的晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，也成為了當(dāng)今主流的X射線晶體成像學(xué)方法。由X射線衍射晶體學(xué)解析的結(jié)構(gòu)在RCSB Protein Data Bank中占到了88%。2Fp紅軟基地
X射線衍射成像雖然得到了長足的發(fā)展，仍然有著一定的缺點。X射線對晶體樣本有著很大的損傷，因此常用低溫液氮環(huán)境來保護(hù)生物大分子晶體，但是這種情況下的晶體周圍環(huán)境非常惡劣，可能會對晶體產(chǎn)生不良影響。而且，X射線衍射方法不能用來解析較大的蛋白質(zhì)。2Fp紅軟基地
2.NMR核磁共振成像2Fp紅軟基地
核磁共振成像NMR全稱Nuclear magnetic resonance，最早在1938被Isidor Rabi （1946年諾貝爾獎）描述，在上世紀(jì)的后半葉得到了長足發(fā)展。其基本理論是，帶有孤對電子的原子核（自選量子數(shù)為1）在外界磁場影響下，會導(dǎo)致原子核的能級發(fā)生塞曼分裂，吸收并釋放電磁輻射，即產(chǎn)生共振頻譜。這種共振電磁輻射的頻率與所處磁場強度成一定比例。利用這種特性，通過分析特定原子釋放的電磁輻射結(jié)合外加磁場分別，可以用于生物大分子的成像或者其他領(lǐng)域的成像。有些時候，NMR也可以結(jié)合其他的實驗方法，比如液相色譜或者質(zhì)譜等。2Fp紅軟基地
RCSB Protein Data Bank數(shù)據(jù)庫中存在大約11000個用NMR解析的生物大分子結(jié)構(gòu)，占到總數(shù)大約10%的結(jié)構(gòu)。NMR結(jié)構(gòu)解析多是在溶液狀態(tài)下的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，一般認(rèn)為比起晶體結(jié)構(gòu)能夠描述生物大分子在細(xì)胞內(nèi)真實結(jié)構(gòu)。而且，NMR結(jié)構(gòu)解析能夠獲得氫原子的結(jié)構(gòu)位置。然而，NMR也并非萬能，有時候也會因為蛋白質(zhì)在溶液中結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定能難得獲取穩(wěn)定的信號，因此，往往借助計算機建模或者其他方法完善結(jié)構(gòu)解析流程。2Fp紅軟基地
3.Cryo-EM超低溫電子顯微鏡成像2Fp紅軟基地
電子顯微鏡最早出現(xiàn)在1931年，從設(shè)計之初就是為了試圖獲得高分辨率的病毒圖像。通過電子束打擊樣本獲得電子的反射而獲取樣本的圖像。而圖像的分辨率與電子束的速度和入射角度相關(guān)。通過加速的電子束照射特殊處理過的樣品表明，電子束反射，并被探測器接收，并成像從而獲得圖像信息。具體做法是，將樣品迅速至于超低溫（液氮環(huán)境）下并固定在很薄的乙烷（或者水中），并置于樣品池，在電子顯微鏡下成像。圖像獲得后，通過分析圖像中數(shù)量眾多的同一種蛋白質(zhì)在不同角度的形狀，進(jìn)行多次的計算機建模從而可以獲得近原子級別的精度（最低可以到2.0埃）。2Fp紅軟基地

軟件截圖

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