QDMR，這實(shí)際上是短期的定量差異甲基化區(qū)域(Methylated )建設(shè)成為一個(gè)定量的方法來量化的甲基化差異。bo7紅軟基地

軟件介紹

QDMR面向?qū)嶒?yàn)室用戶和生物信息學(xué)研究者，分析高通量實(shí)驗(yàn)測定的各物種全基因組DNA甲基化數(shù)據(jù)，用于篩選各種生命狀態(tài)（如發(fā)育過程、各種復(fù)雜疾�。┲�間的差異甲基化區(qū)域，并對其予以圖形化展示。bo7紅軟基地

軟件特點(diǎn)

該軟件能夠處理來自于三大芯片公司Affy， Illumina和NimbleGen的全基因組甲基化芯片數(shù)據(jù)。同時(shí)軟件系統(tǒng)可以將用戶感興趣的基因組區(qū)域在全基因組注釋數(shù)據(jù)庫EUCSC上進(jìn)行全基因組的注釋，且能夠?qū)Σ町惣谆�化區(qū)域相關(guān)的基因進(jìn)行GO和KEGG功能注釋。用戶可以通過系統(tǒng)保存所有的差異甲基化區(qū)域、非甲基化區(qū)域及其功能注釋等信息。還可以輸出感興趣的差異甲基化區(qū)域的圖形�；�于香農(nóng)信息熵的算法可以在不同癌癥樣本間及癌癥與正常組織間進(jìn)行篩選和定量化差異甲基化區(qū)域。通過對當(dāng)前的信息熵算法進(jìn)行優(yōu)化后，使之能夠應(yīng)用到甲基化差異的定量化研究中。該軟件已經(jīng)用于識別組織間差異甲基化區(qū)域，發(fā)現(xiàn)了一些新的功能性差異甲基化區(qū)域，同時(shí)該方法降低了假陽性率。在此基礎(chǔ)上通過確定篩選癌癥差異甲基化區(qū)域的閾值，從全基因組水平篩選癌癥樣本與正常樣本間的差異甲基化區(qū)域，探討癌癥的發(fā)生機(jī)制，以及從不同癌癥間篩差異甲基化區(qū)域，以揭示癌癥的異質(zhì)性。bo7紅軟基地

相關(guān)介紹

甲基化是指從活性甲基化合物(如S-腺苷基甲硫氨酸)上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過程�？尚纬筛鞣N甲基化合物，或是對某些蛋白質(zhì)或核酸等進(jìn)行化學(xué)修飾形成甲基化產(chǎn)物。在生物系統(tǒng)內(nèi)，甲基化是經(jīng)酶催化的，這種甲基化涉及重金屬修飾、基因表達(dá)的調(diào)控、蛋白質(zhì)功能的調(diào)節(jié)以及核糖核酸(RNA)加工。bo7紅軟基地

軟件截圖

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