TreeGraph(編輯系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)軟件)
- 軟件類型：
- 國(guó)產(chǎn)軟件
- 軟件語(yǔ)言：
- 簡(jiǎn)體中文
- 軟件大�。�
- 9 MB
- 軟件授權(quán)：
- 免費(fèi)軟件
- 軟件評(píng)級(jí)：
- 4
- 更新時(shí)間：
- 2017-05-16
- 應(yīng)用平臺(tái)：
- WinXP, Win7, WinAll
TreeGraph(編輯系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)軟件)是一個(gè)方便，易于使用的圖形編輯器，專為設(shè)計(jì)的進(jìn)化樹(shù)，讓你應(yīng)用大量的圖形格式到你的樹(shù)中的元素。它支持多種（有形或無(wú)形）的每個(gè)分支或節(jié)點(diǎn)的說(shuō)明（如支持的值）。這些注釋可以導(dǎo)入從Nexus樹(shù)中的文件或文本文件，其中包含表中的數(shù)據(jù)（例如，從一個(gè)電子表格程序?qū)С觯Ｇ屣L(fēng)網(wǎng)絡(luò)提示: 該軟件要求您的電腦要裝有Java環(huán)境（進(jìn)入下載jre.Java環(huán)境）才能正常使用。
軟件功能
蛋白質(zhì)序列，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)等來(lái)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，或者通過(guò)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較包括剛體結(jié)構(gòu)疊合和多結(jié)構(gòu)特征比較等方法建立結(jié)構(gòu)進(jìn)化樹(shù)。
•系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)主要是它的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和分支長(zhǎng)度。
•根據(jù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的不同系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)可以分為有根樹(shù)和無(wú)根樹(shù)。
有根樹(shù)有一個(gè)根節(jié)點(diǎn)，代表所有其它節(jié)點(diǎn)的共同祖先，從根節(jié)點(diǎn)只有唯一路徑經(jīng)進(jìn)化到達(dá)其他任何節(jié)點(diǎn)；
無(wú)根樹(shù)只表明了節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系，沒(méi)有進(jìn)化方向，但是通過(guò)引入外群（outgroup）或外部參考物種可以在無(wú)根樹(shù)中指派根節(jié)點(diǎn)。
使用說(shuō)明
1. 使用MEGA6根據(jù)細(xì)菌的16s rRNA基因或者真菌的18s rRNA基因的構(gòu)建方法
為何要建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)？就是要把你的目的微生物與其它微生物間的親緣關(guān)系，用系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)直觀的表示出來(lái)。下面是具體的步驟：
首先準(zhǔn)備你將要建樹(shù)的序列，可以將你的序列在NCBI上進(jìn)行Blast查找出相近的序列，下載下來(lái)，可以都放到一個(gè)Text文件中（都是fasta格式）。（以下是具體步驟，黑體為軟件選項(xiàng)）
打開(kāi)MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是蛋白質(zhì)則選擇Protein）（這就打開(kāi)了一個(gè)序列比對(duì)的新窗口）——Edit——Insert sequence from file（選擇你已經(jīng)存儲(chǔ)序列的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（參數(shù)不需多改，直接點(diǎn)擊OK）——等待比對(duì)（比對(duì)結(jié)果相同的堿基會(huì)在同一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然后就可以回到主界面進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建）——Phylogeny（可以選擇構(gòu)建樹(shù)的方法，一般是鄰接法neighbor-joining和最大簡(jiǎn)約法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（這里選擇構(gòu)建鄰接樹(shù)，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)窗口）——在Test of phylogeny 選擇Bootstrap method 并設(shè)定其值為1000——compute——這樣樹(shù)就建好了，在樹(shù)的生成界面可以對(duì)其形狀大小等進(jìn)行調(diào)節(jié)。
軟件說(shuō)明
生物系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的圖形化顯示軟件著重研究系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)（進(jìn)化樹(shù)）的描述方法、進(jìn)化樹(shù)表示的Newick格式（一種嵌套結(jié)構(gòu)的文本）、運(yùn)用棧的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)與算法于自動(dòng)解析文本描述的進(jìn)化樹(shù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)、以及進(jìn)化樹(shù)的圖形編程實(shí)現(xiàn)技術(shù)等。
軟件截圖
