DnaSP(基因多態(tài)性分析軟件)是一個用于分析序列DNA序列數(shù)據(jù)的核苷酸多態(tài)性的軟件包。dnasp可以估計種群內(nèi)和居群間(在非編碼、同義或產(chǎn)生的位點或各種密碼子位置)的DNA序列變異的幾種度量，以及連鎖不平衡、重組、基因流動和基因轉(zhuǎn)換參數(shù)。dnasp還可以進(jìn)行一些中性的測試:哈德遜、kreitman和aguadé ( 1987 )、日本田島( 1989 )、麥當(dāng)勞和kreitman。LyT紅軟基地

軟件介紹

DnaSP是一款專業(yè)的dnA類比分析軟件，一般用于專業(yè)的醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，用于研究和學(xué)習(xí)使用，有相關(guān)專業(yè)的朋友不要錯過。LyT紅軟基地
DnaSP，DNA序列多態(tài)性，是一個軟件包，從對齊的DNA序列數(shù)據(jù)核苷酸多態(tài)性的分析。 DnaSP可以估計DNA序列變異的內(nèi)和之間的人口數(shù)的措施（在非編碼，或同義非同義位點，或在形形色色的密碼子位置的），以及連鎖不平衡，重組，基因流 和基因轉(zhuǎn)換參數(shù)。 DnaSP還可以進(jìn)行中立的幾個測試：哈德森，Kreitman和Aguadé（1987），田島（1989），麥當(dāng)勞和Kreitman（1991）， 傅和Li（1993），及富（1997）的測試。此外，DnaSP可通過聚結(jié)估計的一些測試統(tǒng)計量的置信區(qū)間。該分析的結(jié)果顯示在表格和圖形的形式。LyT紅軟基地

使用說明

1. 打開DnaSP，出現(xiàn)動態(tài)DNA圖像，點擊畫面任何一處即會靜止，再點擊又呈現(xiàn)動態(tài)；點file 標(biāo)簽，出現(xiàn)空白畫面.LyT紅軟基地
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2. 點file-open data file， 選擇要打開的文件（FASTA， MEGA， NBRF/PIR，NEXUS and PHYLIP等格式）后，出現(xiàn)一個小窗口，描述了所打開序列數(shù)據(jù)的總的核苷酸數(shù)目，序列數(shù)目等。點close，如果想在稍后重新打開這個窗口，可以點Display-Data info.LyT紅軟基地
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3. Display-view data，查看對比序列.LyT紅軟基地
4. 計算核苷酸多態(tài)性：點Analysis-DNA polymorphism， 出現(xiàn)一個選項卡供選擇要分析序列的全長或某一區(qū)段(Region to Analyze)和運算法則(options)等;如果想知道在整個序列的哪一段多態(tài)性較高，可以在sliding window點中compute進(jìn)行選擇。如果只打開了一個序列，則會出現(xiàn)要求選擇多個序列進(jìn)行分析的提示框.LyT紅軟基地
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5. 中性檢驗LyT紅軟基地
點擊Analysis-Tajima's testLyT紅軟基地
該檢驗的目的是鑒定目標(biāo)DNA序列在進(jìn)化過程中是否遵循中性進(jìn)化模型。大多數(shù)由自發(fā)突變造成的分子差異不會影響到個體適宜度，推論指出基因進(jìn)化根本上是通過遺傳漂變來實現(xiàn)的。LyT紅軟基地

軟件說明

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