免費(fèi)核酸序列分析工具Seqool
- 軟件類(lèi)型：
- 國(guó)產(chǎn)軟件
- 軟件語(yǔ)言：
- 簡(jiǎn)體中文
- 軟件大�。�
- 36 MB
- 軟件授權(quán)：
- 免費(fèi)軟件
- 軟件評(píng)級(jí)：
- 4
- 更新時(shí)間：
- 2017-05-12
- 應(yīng)用平臺(tái)：
- WinXP, Win7, WinAll
免費(fèi)核酸序列分析工具Seqool是一種免費(fèi)(用于教育用途)序列分析軟件，主要用于在核酸序列中搜索生物信號(hào)。序列分析程序包提供了幾種模式識(shí)別模型，但它還包括最常見(jiàn)的序列分析統(tǒng)計(jì)，如GC含量、密碼子使用等。
軟件特點(diǎn)
1、使用Entrez或SRS信息查詢(xún)系統(tǒng)檢索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因組DNA、外顯子和5’調(diào)控區(qū) (promoter) 等核酸序列，連接提取該序列內(nèi)容，閱讀序列格式的解釋?zhuān)斫馄浜x；
2、使用BioEdit軟件對(duì)上述核酸序列進(jìn)行分子質(zhì)量、堿基組成、堿基分布、序列變換以及限制性酶切分析等基本分析，并從BioEdit軟件的“help”欄了解該軟件的其它功能；
3、使用BioEdit軟件對(duì)人瘦素 (leptin) 的mRNA序列進(jìn)行可讀框架分析；
4、使用NCBI查詢(xún)系統(tǒng)進(jìn)行人瘦素 (leptin) 的基因組序列分析和基因的電子表達(dá)譜分析；
5、使用Blast2進(jìn)行人瘦素 (leptin) mRNA序列與其外顯子或基因組序列的比對(duì)分析。
使用說(shuō)明
1、調(diào)用Internet瀏覽器，并在其地址欄輸入Entrez網(wǎng)址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez；
2、在Search后的選擇欄中選擇nucleotide；
3、在輸入欄輸入homo sapiens leptin;
4、點(diǎn)擊go后顯示序列接受號(hào)及序列名稱(chēng)等;
5、查找人leptin (obesity homolog， mouse) mRNA序列（提示：NM_000230），點(diǎn)擊序列接受號(hào)后顯示序列詳細(xì)信息；
6、將序列轉(zhuǎn)為FASTA格式保存
7、根據(jù)從NM_000230了解的基因定位信息查找人瘦素的基因組DNA (Contig) 的序列接受號(hào)及序列識(shí)別號(hào)，點(diǎn)擊序列接受號(hào)顯示序列詳細(xì)信息；
8、在輸入欄輸入homo sapiens leptin exon查找人瘦素外顯子序列；
9、在輸入欄輸入homo sapiens leptin promoter查找人瘦素5’調(diào)控區(qū)序列;
10、按上述步驟用SRS信息查詢(xún)系統(tǒng)檢索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因組DNA、外顯子和5’調(diào)控區(qū) (promoter) 等核酸序列；
11、將上述核酸序列輸入BioEdit和DNAClub軟件進(jìn)行序列基本分析；
12、打開(kāi)BioEdit軟件，點(diǎn)擊“help”欄，閱讀“contents”；
13、將人瘦素 (leptin) 的mRNA序列輸入BioEdit軟件進(jìn)行可讀框架分析：打開(kāi)BioEdit軟件→將人瘦素 (leptin) mRNA的FASTA格式序列輸入分析框→點(diǎn)擊左側(cè)序列說(shuō)明框中的序列說(shuō)明→點(diǎn)擊sequence欄→選擇nucleic acid→點(diǎn)擊find next ORF→查看起始密碼位置和編碼區(qū)范圍（57→557）；
14、參照教材使用NCBI查詢(xún)系統(tǒng)進(jìn)行人瘦素 (leptin) 的基因組序列分析和基因的電子表達(dá)譜分析；
15、人瘦素 (leptin) mRNA序列與其外顯子或基因組序列的比對(duì)分析：調(diào)用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Blast2網(wǎng)址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrezgorf/bl2/html) →將人瘦素 (leptin) mRNA和外顯子的FASTA格式序列分別輸入sequence2和sequence1分析框或?qū)⑷耸菟?(leptin) mRNA和基因組序列的GI版本號(hào)輸入sequence2和sequence1的GI版本號(hào)框→點(diǎn)擊Align后顯示兩序列比對(duì)的詳細(xì)信息→查找mRNA序列上各外顯子的位置。
相關(guān)介紹
核酸是由許多核苷酸聚合成的生物大分子化合物，為生命的最基本物質(zhì)之一。核酸廣泛存在于所有動(dòng)物、植物細(xì)胞、微生物內(nèi)、生物體內(nèi)核酸常與蛋白質(zhì)結(jié)合形成核蛋白。不同的核酸，其化學(xué)組成、核苷酸排列順序等不同。根據(jù)化學(xué)組成不同，核酸可分為核糖核酸，簡(jiǎn)稱(chēng)RNA和脫氧核糖核酸，簡(jiǎn)稱(chēng)DNA。
軟件截圖
