EMBOSS快速指南文檔是一個(gè)開源的序列分析軟件包，可在UNIX系統(tǒng)上以命令行方式運(yùn)行，目前也已經(jīng)有基于X窗口系統(tǒng)和Web的圖形界面的EMBOSS。gAv紅軟基地

軟件功能

該軟件包源于1988年開始開發(fā)的EGCG系統(tǒng)，整合了目前可以獲得的大部分序列分析軟件，并有一套專門設(shè)計(jì)的C語(yǔ)言庫(kù)函數(shù)。gAv紅軟基地

軟件特色

程序幫助gAv紅軟基地
尋找一個(gè)程序，可以使用EMBOSS 應(yīng)用程序wossname，用一個(gè)關(guān)鍵字對(duì)所有程序的描述gAv紅軟基地
進(jìn)行搜索。gAv紅軟基地
wossname keyword 顯示在描述信息中包含該關(guān)鍵字的所有程序列表gAv紅軟基地
wossname -alphabetic –auto 顯示所有程序gAv紅軟基地
programname –help 給出該程序的可用參數(shù)gAv紅軟基地
tfm programname 顯示該程序的文檔。gAv紅軟基地
序列格式gAv紅軟基地
序列儲(chǔ)存在數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)或是以純文本存于文件內(nèi)。EMBOSS不支持Word處理的文件！缺省gAv紅軟基地
的序列格式是fasta。這個(gè)格式的第一行是初始標(biāo)題行包含一個(gè)“>”，其后是序列描述的，gAv紅軟基地
第二行及以后的行是序列，例如：gAv紅軟基地
>fau Human FAU gene fragmentgAv紅軟基地
GACCGGCCAGGAAACGGCATGgAv紅軟基地
當(dāng)前的EMBOSS 支持42 種格式，包括Clustal， EMBL， GCG， GenBank， PIR， MSF， Phylip，gAv紅軟基地
SwissProt， Text(raw)。gAv紅軟基地
所以程序的缺省輸出可以通過(guò)環(huán)境變量的設(shè)置來(lái)改變：gAv紅軟基地
setenv EMBOSS_OUTFORMAT formatgAv紅軟基地
等用程序gAv紅軟基地
embossdata 找到或取出用EMBOSS程序讀入的數(shù)據(jù)文件gAv紅軟基地
embossversion 顯示出當(dāng)前EMBOSS的版本號(hào)gAv紅軟基地
本文檔由英國(guó)EMBnet節(jié)點(diǎn)的Lisa Mullan設(shè)計(jì)和撰寫，由EMBnet的P&PR發(fā)布委員會(huì)發(fā)gAv紅軟基地
布。gAv紅軟基地
EMBnet－歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)－是一個(gè)由眾多歐洲生物信息中心組成的生物信息網(wǎng)絡(luò)。大gAv紅軟基地
多數(shù)國(guó)家都有一個(gè)國(guó)家節(jié)點(diǎn)，能為生物信息軟件用戶提供培訓(xùn)課程和其他形式的幫助。gAv紅軟基地
你能從EMBnet站點(diǎn)發(fā)現(xiàn)關(guān)于你的國(guó)家節(jié)點(diǎn)的信息：gAv紅軟基地
[url]http://www.embnet.org/[/url]gAv紅軟基地
EMBOSS快捷指南。gAv紅軟基地

更新日志

對(duì)部分功能進(jìn)行了優(yōu)化。gAv紅軟基地

軟件截圖

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