NTSYS-pc(生物形態(tài)研究軟件)用于分析分子生物學，是一款很具有專業(yè)性的工具，能進進行生物群體聚類分析及相似性分析，分析RFLP，RAPD等電泳帶型，計算遺傳距離分析聚類樹繪圖。i0C紅軟基地

軟件介紹

ntsyspc是一款免費的生物形態(tài)分析軟件，這款軟件可以用來研究數(shù)據(jù)點樣本，這些樣本可能來自兩個或多個不同的群體，或者使用鄰接法或UPGMA方法構建聚類圖來評估進化樹。同樣可以用于發(fā)現(xiàn)某些子集中的變異是相互關聯(lián)的。i0C紅軟基地

軟件功能

1、相似性和差異性：關聯(lián)、距離、34個關聯(lián)系數(shù)和11個遺傳距離系數(shù)。 i0C紅軟基地
2、聚類：UPGMA和其他等級結構的SAHN方法（可以是多重關系）、鄰接法和共同樹的幾種形式。 i0C紅軟基地
3、圖論方法：最短長度的生成樹和用鄰接法繪制圖片（可以是無根系統(tǒng)樹）。 i0C紅軟基地
4、排序：主成分或主坐標分析、對應分析、度量與非度量多維尺度分析、奇異值分析和Burnaby方法、典型分布隨機分析、方案的多因素分析、常見的主成分分析、偏最小二乘、多關聯(lián)性和典型相關。 i0C紅軟基地
5、圖片互動：表征圖、物種樹、二維散點圖，相似性和差異性矩陣的對比、傅立葉的大綱圖、Procrustes繪圖和三維視點繪圖。 i0C紅軟基地
6、多變量測試：典型變量分析、協(xié)方差矩陣測試、維數(shù)測試、廣義多元回歸分析。同時還有輔導程序和模擬實驗內(nèi)容。 i0C紅軟基地
7、幾何形態(tài)測量：包括Procrustes分析的特殊組件，用于疊加重點結構，繪制Procrutes分析的結果圖片，繪制輪廓圖片和輪廓形狀的傅立葉系數(shù)（包括2D和3D橢圓圖片）和部分2D和3D的彎曲系數(shù)并估算統(tǒng)一部分。 i0C紅軟基地
8、其他：由同表象相關、Mantel測試，3-way Mantel測試，數(shù)據(jù)標準化和矩陣轉化等進行矩陣對比。矩陣可分割或合并。i0C紅軟基地

使用方法

一、數(shù)據(jù)的處理i0C紅軟基地
1、讀板i0C紅軟基地
2、把每一個引物的讀板數(shù)據(jù)用Excel表格排成一列：i0C紅軟基地
eg：10個材料用satt140讀出5個多態(tài)性位點應列表——i0C紅軟基地
3、再把上表列成NTSYS能識別的格式——i0C紅軟基地
eg：10個材料用satt140讀出5個多態(tài)性位點應列表——i0C紅軟基地
（有帶讀1、無帶讀0、缺失讀999）i0C紅軟基地
注：一般情況下不只是satt140一個引物，而是多個引物，則應該把各個引物的如上數(shù)據(jù)合i0C紅軟基地
成在一個工作簿中，并只保存一個工作表sheet1，輸入完畢后，將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤，如下圖——（這樣就可以用NTSYS－pc分析）i0C紅軟基地
二、NTSYSpc用法i0C紅軟基地
1、生成矩陣：在excel按如下規(guī)則輸入數(shù)據(jù)，A1=1表示有帶記為1，B1=10表示擴增的總條帶數(shù)， C1=5表示樣本數(shù)，D1=0表示無帶記為0。第二行表示的是樣本名稱。從第三行開始的A列表示引物名稱。見下圖：i0C紅軟基地
輸入完畢后，將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤。并且只能保存sheet1一個工作簿。（注：這里的B1和C1顛倒，應該在qualitative data一步中選by rows）i0C紅軟基地
2、生成系統(tǒng)樹：i0C紅軟基地
打開NTSYS-PC程序，點擊similarity出現(xiàn)如下界面i0C紅軟基地
點擊input file，打開生成的excel文件，點擊out file起一個文件名（假設叫A），然后點擊compute按鈕。繼續(xù)點擊clustering，出現(xiàn)下面的界面，i0C紅軟基地
再點SHAN，出現(xiàn)如下界面：i0C紅軟基地
點擊input file，打開文件A，點擊out file起一個文件名（假設叫B），然后點擊compute按鈕。然后點Graphicsi0C紅軟基地

軟件截圖

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