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Cartes分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器下載,象Chem3D這樣專業(yè)的軟件目前尚沒有自動(dòng)識(shí)別點(diǎn)群的功能,而GaussView的3.07以來的版本已經(jīng)增加了此項(xiàng)功能,但是其準(zhǔn)確程度令人擔(dān)憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對(duì)稱性,例如它往往無法判斷出高于6重軸的對(duì)稱性,如碳管(7,7),GaussView給出的點(diǎn)群是C2h,而實(shí)際是D7d;又比如碳管(5,5),它認(rèn)為其點(diǎn)群是C5,而實(shí)際是D5d。
(1)晶體的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成直角坐標(biāo)。
(2)晶體的直角坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成分?jǐn)?shù)坐標(biāo)。
(3)生成向a,b,c三個(gè)方向堆積i,j,k個(gè)晶胞的全部分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
(4)生成按照給定對(duì)稱性關(guān)系得出的所有相關(guān)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
(5)按照指定需要任意平移、旋轉(zhuǎn)、反映或反演當(dāng)前的坐標(biāo)。
(6)將一組坐標(biāo)的中心平移到原點(diǎn)。
(7)判斷分子的點(diǎn)群。
自動(dòng)識(shí)別點(diǎn)群:象Chem3D這樣專業(yè)的軟件目前尚沒有自動(dòng)識(shí)別點(diǎn)群的功能,而GaussView的3.07以來的版本已經(jīng)增加了此項(xiàng)功能,但是其準(zhǔn)確程度令人擔(dān)憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對(duì)稱性,例如它往往無法判斷出高于6重軸的對(duì)稱性,如碳管(7,7),GaussView給出的點(diǎn)群是C2h,而實(shí)際是D7d;又比如碳管(5,5),它認(rèn)為其點(diǎn)群是C5,而實(shí)際是D5d。
可見自己動(dòng)手寫一個(gè)自動(dòng)識(shí)別點(diǎn)群的程序是很具有挑戰(zhàn)性的,于是我就寫了這樣的程序,現(xiàn)在正好把它集成到Cartes軟件里來了。
關(guān)于對(duì)Cartes-分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器稱操作的使用
當(dāng)選擇“對(duì)稱操作”后,會(huì)彈出一個(gè)輸入對(duì)稱性操作矩陣的面板,對(duì)稱性操作矩陣的格式和意義如下:
每一個(gè)對(duì)稱性相關(guān)矩陣必須以%(表示該對(duì)稱性相關(guān)矩陣對(duì)分?jǐn)?shù)坐標(biāo)進(jìn)行操作,其平移量采用分?jǐn)?shù)坐標(biāo)的單位)或#(表示該
對(duì)稱性相關(guān)矩陣對(duì)直角坐標(biāo)進(jìn)行操作,其平移量采用以埃為單位)開頭,換行或空格后,就輸入對(duì)稱性相關(guān)矩陣,格式為:
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2
p31 p32 p33 t3
其中t1,t2,t3的單位由標(biāo)識(shí)符‘%’和‘#’指明(含義見上),對(duì)于同一個(gè)輸入文件‘%’和‘#’可以混合使用。