故事的時間點，是在前作「明星異變」（邪星章）的一年之后。正處于櫻花盛開季節(jié)的幻想鄉(xiāng)，突然出現一顆體積高聳入天的巨大神木「導命樹」。見到這異變，讓「博麗靈夢」與「霧雨魔理沙」這兩個主角前去現場調查。

 

在那里，她們遇到了守矢神社的主神「八坂神奈子」，以及負責奉祀她的巫女「東風谷早苗」。經過詢問之后才知道，原來這顆巨大的導命樹之所以會出現，是神奈子為了開發(fā)新的潔凈能源所造成的結果。

根據早苗的解說，現世（幻想鄉(xiāng)外面的世界）開始重視因為能源生產所造成的環(huán)境污染（例如核廢料）。為了不讓環(huán)境繼續(xù)受到污染，所以人類開始朝「潔凈能源」的大方向邁進，也就是與自然共存（生態(tài)學，ecology）。 之前曾開發(fā)過核融合的神奈子，了解到它可能帶來的負面影響，便開始著手新能源的開發(fā)，也就是眾人眼前的導命樹。為了讓計劃順利進行，神奈子還從現世請來一尊負責掌管該能源的神祇。

當神奈子說明完畢，想將外來的神祇介紹給靈夢她們認識時，才發(fā)現她突然消失了蹤影。而導命樹也在同一刻突然開始發(fā)光，并降下一股無法視見的力量，讓受到影響的人物，當場屈伏在地。

見到這異狀，靈夢與魔理沙向神奈子質問，難道是新神祇在搞鬼嗎。 而神奈子與早苗什么也沒說，立刻一同往導命樹飛去�？吹竭@行動后，靈夢她們也明白發(fā)生了何事，就隨后跟著飛去。而《東方導命樹》的故事，就在這情況下展開。

機體說明

火力A：高速誘導，低速散射9Un紅軟基地

火力B：高速散射，低速集中9Un紅軟基地

魔力A：高速尾隨，低速貫通9Un紅軟基地

魔力B：高速近距，低速中距9Un紅軟基地

風力A：高速散射，低速誘導9Un紅軟基地

風力B：高速誘導，低速集中，C鍵啟動射擊強化（高速啟動附加貫通，低速啟動附加集中，bomb威力加強，需消耗技能槽）9Un紅軟基地

截圖

9Un紅軟基地

 9Un紅軟基地

9Un紅軟基地