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PDB數據庫簡介 生物數據庫的種類 生物數據庫的種類 序列數據庫 核酸序列數據庫 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白質序列數據庫(Swissprot，PIR) 結構數據庫 蛋白質結構數據庫( PDB ) 蛋白質分類數據庫(SCOP、CATH ) 其它數據庫 Protein Data Bank 蛋白質結構數據庫  http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 一、基本概況 美國Brookhaven實驗室1971年建立的大分子結構數據庫，PDB蛋白質晶體結構資料數據庫 (Protein Date Bank)。 PDB數據庫的維護由結構生物信息學研究合作組織 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics，RCSB) 負責。 1、數據 來源 主要通過實驗（X射線晶體衍射，核磁共振，電子顯微鏡方法等）測定的生物大分子的三維結構。 主要是蛋白質的三維結構，還包括核酸、糖類、蛋白質與核酸復合物的三維結構。 信息 原子的空間坐標、引用文獻、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、雙硫鍵連結模式、與蛋白質結合的ligand、參與生化功能的residue等。  2、數據結構 3、數據查詢 PDB中的記錄有唯一的PDB-ID，包括4個字符串，可由大寫字母A~Z和數字0~9組合而成，如1LDM。 PDB和它的鏡像站點提供每個PDB記錄的查詢，可按一些專門的查詢項目（如提交數據、作者姓名、結構表達）進行檢索。 二、簡單使用 PDB數據庫文件 PDB數據庫的詳細字段說明 PDB數據庫的詳細字段說明 PDB數據庫的詳細字段說明 三、結構模型顯示 生物大分子三維立體結構顯示的軟件：PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等 通過這些軟件可以對此三維結構進行查看、編輯，進一步應用于研究。Js8紅軟基地

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