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- 2019-12-12
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- 248172
- 素材類別:
- 課件PPT
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這是數(shù)據(jù)庫簡介ppt,包括了生物數(shù)據(jù)庫的種類,基本概況,簡單使用,PDB數(shù)據(jù)庫文件,結(jié)構(gòu)模型顯示等內(nèi)容,歡迎點(diǎn)擊下載。
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PDB數(shù)據(jù)庫簡介 生物數(shù)據(jù)庫的種類 生物數(shù)據(jù)庫的種類 序列數(shù)據(jù)庫 核酸序列數(shù)據(jù)庫 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(Swissprot,PIR) 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫( PDB ) 蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(SCOP、CATH ) 其它數(shù)據(jù)庫 Protein Data Bank 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 一、基本概況 美國Brookhaven實(shí)驗(yàn)室1971年建立的大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,PDB蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)資料數(shù)據(jù)庫 (Protein Date Bank)。 PDB數(shù)據(jù)庫的維護(hù)由結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作組織 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 負(fù)責(zé)。 1、數(shù)據(jù) 來源 主要通過實(shí)驗(yàn)(X射線晶體衍射,核磁共振,電子顯微鏡方法等)測(cè)定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。 主要是蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu),還包括核酸、糖類、蛋白質(zhì)與核酸復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)。 信息 原子的空間坐標(biāo)、引用文獻(xiàn)、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、雙硫鍵連結(jié)模式、與蛋白質(zhì)結(jié)合的ligand、參與生化功能的residue等。 2、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 3、數(shù)據(jù)查詢 PDB中的記錄有唯一的PDB-ID,包括4個(gè)字符串,可由大寫字母A~Z和數(shù)字0~9組合而成,如1LDM。 PDB和它的鏡像站點(diǎn)提供每個(gè)PDB記錄的查詢,可按一些專門的查詢項(xiàng)目(如提交數(shù)據(jù)、作者姓名、結(jié)構(gòu)表達(dá))進(jìn)行檢索。 二、簡單使用 PDB數(shù)據(jù)庫文件 PDB數(shù)據(jù)庫的詳細(xì)字段說明 PDB數(shù)據(jù)庫的詳細(xì)字段說明 PDB數(shù)據(jù)庫的詳細(xì)字段說明 三、結(jié)構(gòu)模型顯示 生物大分子三維立體結(jié)構(gòu)顯示的軟件:PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等 通過這些軟件可以對(duì)此三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行查看、編輯,進(jìn)一步應(yīng)用于研究。
數(shù)據(jù)庫答辯ppt:這是數(shù)據(jù)庫答辯ppt,包括了數(shù)據(jù)庫用戶管理和安全設(shè)置,數(shù)據(jù)庫日志、作業(yè)與警報(bào)管理,復(fù)雜數(shù)據(jù)庫備份和數(shù)據(jù)庫維護(hù),收獲與體會(huì)等內(nèi)容,歡迎點(diǎn)擊下載。
數(shù)據(jù)庫表格ppt:這是數(shù)據(jù)庫表格ppt,包括了使用企業(yè)管理器創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫表,設(shè)置表的主鍵、外鍵和建立表之間的關(guān)系,為表增加約束等內(nèi)容,歡迎點(diǎn)擊下載。
高級(jí)數(shù)據(jù)庫ppt:這是高級(jí)數(shù)據(jù)庫ppt,包括了事務(wù)概念:ACID,一個(gè)簡單的事務(wù)模型:ACID例,存儲(chǔ)結(jié)構(gòu):易失/非易失/穩(wěn)定,事務(wù)原子性和持久性:故障,事務(wù)隔離性:并發(fā)等內(nèi)容,歡迎點(diǎn)擊下載。